La fe cristiana llega al nuevo mundo con el descubrimiento de América el 12 de octubre de 1492 por el Almirante Cristóbal Colón. En 1501 don Rodrigo de Bastida descubre el Istmo de Panamá y fue acompañado por Vasco Núñez de Balboa, éste regresó a La Española y acompañó de nuevo al Bachiller Martín Fernández de Enciso y a Alonso de Ojeda quien fue el primer gobernador del territorio de Centroamérica llamado Castilla de Oro que abarca desde la costa occidental del río Atrato en el Golfo de Urabá hasta el cabo de nombre de Dios en la hoy Honduras. En 1502 Cristóbal Colón visitó la costa norte de nuestro istmo e intentó fundar una ciudad en la desembocadura del río Belén el día 6 de enero de 1502 con el nombre de Santa María de Belén.

En 1510 Balboa y Encino fundaron un poblado en el territorio del Cacique Cémaco en el lado oeste del Rió Atrato llamado primero La Guardia y ante la insistencia de Balboa se le dio el nombre de Santa María la Antigua cumpliendo así la promesa hacha a la Santísima Virgen María venerada con este nombre en la Catedral de Sevilla, España.

Habiendo creado la población católica con los colonos españoles y los nativos que eran convertidos a la fe cristiana, el Rey Don Fernando el católico pidió al Papa que nombrase un Obispo para que la Iglesia emprendiera la tarea de la Evangelización de los indígenas en el amplio y aún desconocido territorio.

El Papa León X accede a la solicitud del Rey de España y mediante la Bula “Pastorales Officii Debiturn” crea la Diócesis de Santa María la Antigua el 9 de septiembre de 1513, la primera en la tierra firme de América.

El pueblito fundado por Balboa y Encino fue elevado a la categoría de la ciudad por el Papa, y la capilla en honor de Santa María la Antigua, (antes residencia del Cacique Cémaco) fue constituida oficialmente en Iglesia Catedral teniendo como título permanente esta advocación.

Como primer Obispo de Santa María fue nombrado el franciscano y predicador de la casa real, el Reverendo Padre Fray Juan de Quevedo. Este fue consagrado por el arzobispo de Sevilla a finales de 1513. El 11 de abril de 1514 se embarcó para el nuevo mundo con el gobernador Pedrarias que viajaba con 34 embarcaciones y unas dos mil personas llegando a Santa maría el 30 de junio de ese mismo año y fue recibido por Balboa a quien era Alcalde Mayor y toda la población con mucha alegría y solemnidad.

Vasco Núñez de Balboa descubrió el Mar del Sur el 25 de septiembre de 1513, y desde entonces el Pacífico empieza a tomar importancia. El 15 de agosto de 1519 el gobernador Pedrarias funda la primera ciudad del pacífico sobre un villorrio de nativos conservando el nombre original: PANAMÁ (abundancia de peces y mariposas), pero dándole oficialmente el nombre de “Nuestra Señora de la Asunción de Panamá”. El Obispo Fray Juan de Quevedo viajó a España para asuntos relacionados con la nueva colonia y acusó ante el Rey Carlos V a Pedrarias por el mal trato dado a los indios; este Pastor fue víctima de una epidemia y muerte cerca de Barcelona, en Molins del Rey, el 24 de diciembre de 1519.

La ciudad de Panamá toma cada día, mayor importancia pues es puerto necesario para el descubrimiento y colonización de Sur América especialmente el Imperio Inca.

El segundo Obispo de Santa María fue el dominico Fray Vicente Peraza nombrado en 1521 y consagrado en Burgos. Llegó a la Diócesis en 1524 y por disposición del gobernador Pedrarias trasladó a la ciudad de Panamá la sede episcopal conjuntamente con las autoridades civiles.
El traslado de la Sede Episcopal de Santa María a la ciudad de Panamá no significó la desaparición de esa Iglesia sino mudanza del Obispado, de la catedral y del Cabildo. La provincia de Castilla de Oro tampoco desapareció el trasladarse las autoridades a la nueva ciudad del Pacífico. Este Obispo fallece algunos meses después de su llegada a Panamá y circuló el rumor de que fue envenenado por orden del gobernador Pedrarias. La Diócesis quedó vacante por espacio de diez años. Llega después el tercer Obispo Fray Tomás de Berlanga en 1534 quien era provincial de los Padres Dominicos en Santo Domingo y fue el primero en insinuar al Rey Carlos V la construcción de un canal para unir los dos mares. Correspondió a este Obispo iniciar los trabajos de la catedral cuya torre se mantiene en pie y es símbolo elocuente no sólo de la Iglesia sino también de la fe del pueblo panameño. Diez años después Tomás de Berlanga renunció a su cargo y7 regresó a España.

Durante varios años los Obispos si bien residían en Panamá firmaban: “Obispo de Santa María”, “Obispo de Castilla de Oro”, Obispo de tierra firme” y hasta “Obispo del darién”; finalmente “Obispo de Panamá”, ya que la ciudad sede da el nombre a la Diócesis.
Siendo Sancho Pardo de Cárdenas, Obispo de Panamá, la ciudad fue saqueada e incendiada por el pirata inglés Enrique Morgan el 28 de enero de 1671.

El 21 de enero de 1673 siendo Obispo Don Antonio De León se refunda la ciudad cerca del puerto de Ancón bajo la guía del nuevo gobernador Don Antonio Fernández de Córdova. El Obispo impartió la bendición al emplazamiento urbano así como también al sitio de la Catedral y del cementerio. Todos fueron conscientes de que incendiados y destruidos los edificios de la primera Panamá la ciudad como entidad jurídica no desapareció, sólo cambió de sitio.

En 1674 ya está la Iglesia catedral, pero es de madera. Fue el Obispo Lucas Fernández de Piedrahita quien en 1676 puso la primera piedra para que esta Iglesia fuera construida de mampostería. En 1737 un incendio la destruye y tanto el templo de San José y Santa Ana, como la capilla de San Felipe Neri sirven provisionalmente cono Catedral.

En 1751 fue nombrado el primer panameño Obispo de Panamá: Francisco Javier Dé-Luna Victoria y Castro. Este además de fundar la Universidad de San Javier prosigue los trabajos de la Catedral usando incluso sus fondos personales. Este Obispo fue trasladado a Trujillo (Perú) en 1758 y después fue preconizado Arzobispo de Chuquisaca- Bolivia, pero murió en marzo de 1777.

El 10 de diciembre de 1762 la actual Catedral es bendecida por el Obispo Manuel jerónimo de Romaní y Carrillo y solemnemente consagrada el 4 de abril de 1796 por el Obispo Remigio de la Santa María la Antigua, (desde 1903 en territorio colombiano); la segunda en Panamá La Vieja y la tercera, en la nueva y actual ciudad de Panamá. Desde 1513 hasta hoy (2004) se han sucedido 46 Obispos. De esos fueron 27 españoles, 7 colombianos, 7 peruanos, 1 ecuatoriano, 1 chileno, 1 mejicano, 1 costarricense, 1 holandés y 6 panameños.

Documentos históricos prueban claramente que la Iglesia de Panamá es la misma que nació el 9 de septiembre de 1513 y que la titular de nuestra Catedral ha sido siempre Santa María de la Antigua. A mediados del siglo pasado dadas las vicisitudes y los vejámenes por los que pasó la Iglesia en Panamá, cayó en olvido el título original y se pensó que la Advocación de la Asunción era la titular. Ello se debió también al hecho de que en Sevilla la fiesta de santa María de la Antigua se celebraba el 15 de agosto. Hemos encontrado no pocas personas, tanto hombres como mujeres que llevan el nombre de Antigua por haber nacido el 15 de agosto.

De acuerdo al espíritu y a la letra de la Bula de creación de la Diócesis, Santa María la Antigua fue y deberá ser siempre la titular de la Catedral. Además varios documentos dan fe de este hecho histórico y litúrgico. Es por ello que el Arzobispo de Panamá, Monseñor José Dimas Cedeño, siguiendo las normas dictadas por la santa Sede proclamó a Santa María la Antigua como patrona de la Arquidiócesis de Panamá el día 9 de septiembre de 1999. Acto ratificado por la Congregación para el Culto Divino y la Disciplina de los Sacramentos el 20 de diciembre de ese mismo año.

La Conferencia Episcopal Panameña proclamó a Santa María la Antigua como patrona de la República de Panamá el 9 de septiembre del año jubilar 2000, lo que también fue ratificado por la Santa Sede mediante documento fechado 27 de febrero del año 2001 y firmado por el Cardenal Arturo medina Estévez, Prefecto de la Congregación mencionada. Se estableció el 9 de septiembre como fiesta de Santa María la Antigua en todo el país con rango de Solemnidad y Misa propia.

La Diócesis de Panamá como todas las Iglesias nacientes en el nuevo mundo fue sufragánea de Sevilla hasta el año de 1548. En esta fecha el Papa Paulo III a solicitud del rey Felipe II la hizo sufragánea de la Arquidiócesis de Lima la cual había sido creada en 1541.

En 1835 el Papa Gregorio XVI ordena que Panamá sea sufragánea de la Arquidiócesis de Santa Fe de Bogotá y en 1901 el Papa León XIII la hace sufragánea de la Arquidiócesis de Cartagena de Indias creada en 1534 pero elevada a sede metropolitana en 1900. En 1925 ya Panamá fue creada Arquidiócesis.

La Diócesis de Panamá creada el 9 de septiembre de 1513 es la Iglesia más antigua en tierra firme y madre de las Iglesias particulares existentes hasta ahora en la república de Panamá, pues de ella salieron las siguientes jurisdicciones.

En 1925 se creó el Vicariato Apostólico del Darién y Colón (Separado de Colón en 1988)
En 1955 se creó la Diócesis de David
En 1962 se creó la Diócesis de Chitré
En 1964 se creó la Prelatura de Bocas del Toro
En 1964 se creó la Diócesis de Santiago de Veraguas
En 1988 se creó la Diócesis Misionera de Colón (Separada del Vicariato Apostólico del Darién) Ahora Diócesis de Colón – Kuna Yala.
En 1993 se creó la Diócesis de Penonomé.