De acuerdo al espíritu y a la letra de la Bula de creación de la Diócesis, Santa María la Antigua fue y deberá ser siempre la titular de la Catedral. Además varios documentos dan fe de este hecho histórico y litúrgico. Es por ello que el Arzobispo de Panamá, Monseñor José Dimas Cedeño, siguiendo las normas dictadas por la santa Sede proclamó a Santa María la Antigua como patrona de la Arquidiócesis de Panamá el día 9 de septiembre de 1999. Acto ratificado por la Congregación para el Culto Divino y la Disciplina de los Sacramentos el 20 de diciembre de ese mismo año.
La Conferencia Episcopal Panameña proclamó a Santa María la Antigua como patrona de la República de Panamá el 9 de septiembre del año jubilar 2000, lo que también fue ratificado por la Santa Sede mediante documento fechado 27 de febrero del año 2001 y firmado por el Cardenal Arturo Medina Estévez, Prefecto de la Congregación mencionada. Se estableció el 9 de septiembre como fiesta de Santa María la Antigua en todo el país con rango de Solemnidad y Misa propia.
La Diócesis de Panamá como todas las Iglesias nacientes en el nuevo mundo fue sufragánea de Sevilla hasta el año de 1548. En esta fecha el Papa Paulo III a solicitud del rey Felipe II la hizo sufragánea de la Arquidiócesis de Lima la cual había sido creada en 1541.
En 1835 el Papa Gregorio XVI ordena que Panamá sea sufragánea de la Arquidiócesis de Santa Fe de Bogotá y en 1901 el Papa León XIII la hace sufragánea de la Arquidiócesis de Cartagena de Indias creada en 1534 pero elevada a sede metropolitana en 1900. En 1925 ya Panamá fue creada Arquidiócesis.
La Diócesis de Panamá creada el 9 de septiembre de 1513 es la Iglesia más antigua en tierra firme y madre de las Iglesias particulares existentes hasta ahora en la república de Panamá, pues de ella salieron las siguientes jurisdicciones.
En 1925 se creó el Vicariato Apostólico del Darién y Colón (Separado de Colón en 1988)
En 1955 se creó la Diócesis de David
En 1962 se creó la Diócesis de Chitré
En 1962 se creó la Prelatura de Bocas del Toro
En 1963 se creó la Diócesis de Santiago de Veraguas
En 1988 se creó la Diócesis Misionera de Colón (Separada del Vicariato Apostólico del Darién) Ahora Diócesis de Colón – Kuna Yala.
En 1993 se creó la Diócesis de Penonomé.