El 21 de enero de 1673 siendo Obispo Don Antonio De León se refunda la ciudad cerca del puerto de Ancón bajo la guía del nuevo gobernador Don Antonio Fernández de Córdova. El Obispo impartió la bendición al emplazamiento urbano así como también al sitio de la Catedral y del cementerio. Todos fueron conscientes de que incendiados y destruidos los edificios de la primera Panamá la ciudad como entidad jurídica no desapareció, sólo cambió de sitio.
En 1674 ya está la Iglesia catedral, pero es de madera. Fue el Obispo Lucas Fernández de Piedrahita quien en 1676 puso la primera piedra para que esta Iglesia fuera construida de mampostería. En 1737 un incendio la destruye y tanto el templo de San José y Santa Ana, como la capilla de San Felipe Neri sirven provisionalmente cono Catedral.
En 1751 fue nombrado el primer panameño Obispo de Panamá: Francisco Javier Dé-Luna Victoria y Castro. Este además de fundar la Universidad de San Javier prosigue los trabajos de la Catedral usando incluso sus fondos personales. Este Obispo fue trasladado a Trujillo (Perú) en 1758 y después fue preconizado Arzobispo de Chuquisaca- Bolivia, pero murió en marzo de 1777.
El 10 de diciembre de 1762 la actual Catedral es bendecida por el Obispo Manuel jerónimo de Romaní y Carrillo y solemnemente consagrada el 4 de abril de 1796 por el Obispo Remigio de la Santa María la Antigua, (desde 1903 en territorio colombiano); la segunda en Panamá La Vieja y la tercera, en la nueva y actual ciudad de Panamá. Desde 1513 hasta hoy (2004) se han sucedido 46 Obispos. De esos fueron 27 españoles, 7 colombianos, 7 peruanos, 1 ecuatoriano, 1 chileno, 1 mejicano, 1 costarricense, 1 holandés y 6 panameños.
Documentos históricos prueban claramente que la Iglesia de Panamá es la misma que nació el 9 de septiembre de 1513 y que la titular de nuestra Catedral ha sido siempre Santa María de la Antigua. A mediados del siglo pasado dadas las vicisitudes y los vejámenes por los que pasó la Iglesia en Panamá, cayó en olvido el título original y se pensó que la Advocación de la Asunción era la titular. Ello se debió también al hecho de que en Sevilla la fiesta de santa María de la Antigua se celebraba el 15 de agosto. Hemos encontrado no pocas personas, tanto hombres como mujeres que llevan el nombre de Antigua por haber nacido el 15 de agosto.